Yang dimaksud dengan keadaan darurat adalah keadaan yang tidak terduga, baik karena faktor alam maupun nonalam, yang memberi dampak keselamatan (musibah) kepada angkutan darat, laut, ataupun udara. Penanggung jawab alat angkut pada dasarnya harus melaporkan kepada pejabat Karantina, namun apabila di tempat merapat atau mendarat tidak ada Pejabat Karantina dapat melaporkan kepada petugas instansi Pemerintah terdekat.