Pada saat Undang-Undang ini mulai berlaku, lembaga Pemerintah yang menangani bidang perkarantinaan yang sudah ada, tetap menjalankan tugasnya sampai dengan terbentuknya lembaga Pemerintah yang menangani bidang perkarantinaan berdasarkan ketentuan Undang-Undang ini.

Urusan perkarantinaan Hewan, Ikan, dan Tumbuhan yang pada saat berlakunya Undang-Undang ini belum dapat diselesaikan, penyelesaiannya dilakukan berdasarkan ketentuan Undang-Undang Nomor 16 Tahun 1992 tentang Karantina Hewan, Ikan, dan Tumbuhan serta peraturan pelaksanaannya dengan prinsip yang meringankan Setiap Orang.